Le celle a combustibile, in versione trazione o stazionaria, presentano numerosi vantaggi nei confronti dei sistemi tradizionali:

Rendimento elettrico superiore a quello degli impianti convenzionali con valori che vanno dal 40 al 60%.

Modularità che permette di accrescere la potenza installata via via che cresce la domanda di energia elettrica, con notevoli risparmi sul piano economico e con tempi di costruzione che possono risultare notevolmente ridotti.

Efficienza indipendente dal carico e dalle dimensioni dell’impianto (il rendimento delle celle è poco sensibile alle variazioni del carico elettrico, diversamente da quanto avviene con gli impianti convenzionali).

Ridottissimo impatto ambientale sia dal punto di vista delle emissioni gassose sia di quelle acustiche, il che consente di collocare gli impianti anche in aree residenziali.

Possibilità di cogenerazione, il calore generato può essere disponibile a diversa temperatura, in forma di vapore o acqua calda, e impiegato per usi sanitari, condizionamento di ambienti, etc.